A espécie Aegla schmitti é relativamente abundante em riachos epigeanos na Bacia do Alto Ribeira, sudeste do Brasil, e possui alguns registros em cavernas. Neste estudo, questionamos se esses indivíduos seriam uma presença acidental ou se poderiam ser populações já estabelecidas em riachos de caverna. Nesse caso, as variações morfológicas estariam associadas a trechos de riachos superficiais e subterrâneos? Nesta pesquisa exploratória, tentamos responder a essas perguntas avaliando a variação de forma do cefalotórax usando morfometria geométrica baseada em marcos. Diferentes formas foram encontradas para ambos os ambientes, evidenciando uma colonização hipógea bem-sucedida. O efeito da área foi descartado como o único fator responsável pela divergência, portanto, pela primeira vez na literatura, relatamos aqui modificações morfológicas associadas à colonização subterrânea em troglófilos. Também concebemos e discutimos algumas hipóteses sobre a colonização.